După studii efectuate la Kecskemét şi Târgu Mureş se înscrie la Universitatea Bolyai din Cluj, secţia literatură maghiară–istoria artei–arheologie. Aici devine discipolul lui Entz Géza şi László Gyula, în perioada 1946–1950, iar după absolvire e menţinută la catedră ca asistent. În 1952 e exclusă din Universitate împreună cu soţul ei, istoricul Benkő Samu. Din 1953 este cercetător, apoi cercetător principal la Institutul Istoric şi Arheologic al Academiei Române, sucursala clujeană. A activat mai ales în arhiva Asociaţiei Muzeul Transilvan, o colecţie care a intrat în custodia filialei acedemice. Începând de la mijlocul anilor ’70 a participat la întocmirea repertoriului monumentelor din Transilvania, un proiect iniţiat de Institut, însă demersul a fost stopat. S-a retras din mediul ştiinţific după pensionarea survenită în 1985.
În articularea metodologiei de lucru se simte influența personală a lui Kelemen Lajos, legendarul erudit al arhivelor ardelene.
Potrivit acestui tip de abordare pentru obținerea unor concluzii întemeiate nu este de ajuns în sine studierea efectivă a operei de artă, ci ea trebuie completată cu o decartare cât se poate de minuțioasă a surselor arhivistice. În spiritul acestei concepții B. Nagy Margit a reușit să ofere o imagine de ansamblu a chestiunilor ce țin de perioada renascentistă transilvană, prin cercetarea unui imens material de arhivă: curiile și castelele epocii, cu specificul lor arhitectural și mobilierul de epocă își vor găsi o reprezentare adecvată în lucrările specialistului; în studii separate abordează teme ca sobele cu cahle decorate, porțile secuiești, respectiv elementele decorative de frontispiciu în stil italian. A avut un rol crucial în continuarea cercetării barocului și clasicismului transilvan, efort demarat în perioada interbelică, e considerat autorul cu cea mai elocventă expertiză în acest domeniu. A contribuit la clarificarea unor aspecte esențiale din istoria unor monumente arhitecturale, precum castelele din Sânmiclăuș (Județul Alba), Jibou și Posmuș (Bistrișa-Năsăud), palatul Bánffy din Cluj, biserica armenească din Gherla. În decursul anilor ’70 a definitivat biografiile renumiților meșteri arhitecți și zidari ai perioadei baroce târzii: Leder József și Türk Antal, dar cercetările ei s-au extins până spre epoca romantică, mai ales prin studierea carierei și activității maistrului constructor Kagerbauer Antal. A obținut merite perene în cunoașterea meșterilor clujeni ai barocului și clasicismului, bazele de date întocmite pe această temă fiind considerate chiar și după jumătate de secol opere de referință ale cercetării istoriei de artă din perioada tratată.
Istoricul Jakó Zsigmond îi caracterizează activitatea, apreciindu-i rigurozitatea pragmatică în laudația Nyersmérleg félúton [Bilanț preliminar la mijloc de carieră], apărută în revista Korunk (1978): „A introdus teme noi în universul cercetării. Pe lângă abordarea tradițonalelor chestiuni privind istoria operelor de artă și cea a făuritorilor, este prima care își propune ca obiect de cercetare modul de organizare a activității artistice, relația artă–artist–societate, complexa triadă beneficiar–proiectant–executant, problematica sistematizării orașelor și chestiunile legate de centrele artistice locale (…) situarea ei la un nivel profesional remarcabil și stima pe care i-o purtăm se datorează deasemenea fortului asumat și depus cu conștiinciozitate.”
Datorită condițiilor tot mai vitrege ale mijlocului de secol ’20, a fost de fapt singurul reprezentant al istoriografiei artei în limba maghiară. Continuitatea și performanța științifică asigurate de B. Nagy Margit au contribuit decisiv la relansarea cercetărilor după 1989: opera sa a devenit un reper important în definirea metodologiei cercetării la catedra de istorie a artei de la Universitatea Babeş–Bolyai, reorganizată în jurul lui Kovács András. În același timp exemplul oferit s-a convertit într-un factor determinant în conturarea identității și profilului acestui grup de specialiști. Moștenirea ei spirituală a fost evocată în cadrul unei conferințe comemorative de două zile în 2009, studiile și prelegerile prezentate cu această ocazie fiind ulterior editate într-un volum.
Reneszánsz és barokk Erdélyben. Művészettörténeti tanulmányok [Renaștere și baroc în Transilvania. Studii de istoria artei]. Kriterion, Bukarest, 1970.
Várak, kastélyok, udvarházak, ahogy a régiek látták. XVII–XVIII. századi erdélyi összeírások és leltárak [Cetăți, castele, curii, văzute cu ochii contemporanilor. Conscripții și urbarii transilvane din secolele XVII–XVIII.] Kriterion, Bukarest, 1973.
Stílusok, művek, mesterek. Művészettörténeti tanulmányok [Stiluri, opere, meșteri. Studii de istoria artei]. Kriterion, Bukarest, 1977.
A barokk Szamosújvár születése [Apariția barocului în Gherla]. Építés–Építészettudomány, 1983. 1–4. sz. 27–39. p.
4minut